Berdasar Peraturan  Menteri  Kesehatan Republik  Indonesia  Nomor  26  Tahun 2018 tentang Pelayanan  Perizinan Berusaha Terintegrasi secara  Elektronik Sektor  Kesehatan, Izin Apotek merupakan salah satu perizinan sektor kesehatan yang menjadi kewenangan bupati yang diterbitkan melalui lembaga OSS. Terdapat perubahan mekanisme berikut permasalahannya pasca perubahan kebijakan perizinan berusaha yang sebelumnya proses dan penerbitannya  secara manual berubah melalui aplikasi Online Single Submission. Namun demikian, pada implementasinya kebijakan tersebut belum sepenuhnya bisa dilaksanakan, terdapat beberapa permasalahan dalam implementasinya. Izin Apotek yang semula merupakan izin usaha berubah menjadi izin komersial/operasional yang dalam aplikasi OSS masih terdapat kendala dalam penerbitannya. Mensikapi hal tersebut, selain diproses melalui OSS, di Kabupaten Gunungkidul Izin Apotek masih diterbitkan secara manual oleh Kepala Dinas Kesehatan. Pelaku usaha sebelum memperoleh Izin Apotek wajib memperoleh izin usaha. Dalam memperoleh Izin Usaha, pelaku usaha harus memenuhi komitmen dasar. Bukti notifikasi pemenuhan komitmen dasar tersebut menjadi syarat dalam penerbitan Izin Apotek.

Pada acara sosialisasi Perizinan Berusaha Terintegrasi secara Elektronik khususnya Izin Apotek yang diselenggarakan oleh Ikatan Apotek Indonesia Kab. Gunungkidul pada tanggal  26 April 2019 di RSUD Wonosari, DPMPT beserta Dinas Kesehatan selaku narasumber telah menyampaikan kebijakan penerbitan Izin Apotek. Selain itu, permasalahan dan kebijakan daerah terkait penerbitan Izin Apotek juga dibahas pada acara FGD tentang Perizinan Apotek di Era OSS yang diselenggarakan oleh Balai Besar POM di Yogyakarta pada tanggal 19 Juni 2019 di Aula Gedung Arjuna Balai Besar Pom DIY.